När Gammelstads första bebyggelsen tillkom, sannolikt på 1000 - 1200-talet, låg landet 9 - 10 meter lägre än idag. De första husen i Gammelstad bör ha varit små sjöbodar och fiskestugor på en liten ö i en vidsträckt skärgård.
1400-talskyrkan på sin kulle var ett för den tiden gigantiskt byggnadsverk och ett mäktigt landmärke i ett öppet landskap med fri sikt över fjärdar och slåtterängar.
Prästbostället lade beslag på all den slåtter- och odlingsmark som landhöjningen skapade och annan permanent bosättning kan vi inte räkna med förrän under 1500-talet. Den äldsta bebyggelsen av bodar och stugor placerades efter praktiska behov. Sjöbodarna samlades kring båtplatserna medan marknadsbodar och sovstugor grupperades vid marknadsplatsen. Marknadsbebyggelsen blandades sedan upp med kyrkstugor efter kyrkans tillkomst. De placerades längs infarterna och sedan fylldes även marken mellan huvudvägarna. Så fick Gammelstad sin medeltida stadsstruktur med radiellt utgående gator, som förbinds av slingrande gaturingar längs kullens sidor.
Medeltidsmönstret bröts när den gamla marknadsplatsen fick stadsprivilegier 1621. Då beordrades bönderna att flytta bort sina kyrkstugor från området öster om kyrkan för att ge plats för stadsborgarnas gårdar, enligt en av myndigheterna upprättad plan med raka gator och rektangulära kvarter. Hamnarna hade dock redan blivit svårseglade på grund av landhöjningen och intresset för att bosätta sig i den nya staden var svagt. Därför fylldes aldrig den påbjudna rutnätsplanen med borgargårdar utan många kyrkstugor finns ännu kvar där.
Kyrkstaden i Gammelstad är Sveriges största med över 400 kyrkstugor, som fortfarande nyttjas enligt gamla kyrkliga traditioner.
Kyrkbyn är den permanent bebodda eller profant nyttjade bebyggelsen. Det är en låg trästad med en blandning av rika gårdar med anor från 1600- talets borgarstad, mindre handelsgårdar, bondgårdar och fattigstugor sida vid sida. Gammelstad är ensam om att förena de två särpräglat nordiska stadstyperna.
Gammelstads kyrkby och kyrkstad är ett levande minnesmärke i världsklass. Ingen vill naturligtvis medvetet göra någonting som får negativ inverkan på en sådan värdefull miljö. Men, vad ska man tänka på att bevara och förstärka dess värden? Det skiljer naturligtvis mellan olika delar av kyrkbyn, men mycket är också gemensamt:
BYKÄRNAN med alla kyrkstugorna och de flesta av de kulturhistoriskt speciellt värdefulla byggnaderna har naturligtvis det största bevarandevärdet.
RANDZONEN utgör en mycket viktig inramning av bykärnan och innehåller också en del kulturhistoriskt värdefulla byggnader.
VILLAKVARTEREN är även de en betydelsefull del av kyrkbyn och är viktiga för helheten.